VistaDB in der hier verwendeten Version 4 ist ein dateibasiertes Datenbanksystem. Es verwendet in allen Versionen eine einzelne Datei, in der sich das gesamte Datenbanksystem befindet. Dies ermöglicht in der Pro-Version die Mehrbenutzerfähigkeit ohne Installation eines zusätzlichen Datenbankservers. Die Datei muss sich dazu lediglich auf einem für alle Benutzer zugänglichen Laufwerk oder Verzeichnis befinden.
Durch die Verwendung von VistaDB als Datenbanksystem kann für die Schlüsselverwaltung TSKEY 2006 auch ein verschlüsseltes Datenbanksystem angeboten werden. Dabei wird die gesamte Datenbank verschlüsselt abgelegt und ist nur mit einem Passwort zugänglich. Um diesen Vorgang für die Benutzer möglichst einfach zu gestalten wird die Verschlüsselung mittels X.509 Zertifikaten bewältigt, deren Verwaltung bereits in Windows integriert ist. Für alle Benutzer muss dabei das zur Verschlüsselung verwendete Zertifikat verfügbar sein.